ggplot2の棒グラフの上や下に値をラベルとして書き込む方法のメモ。とりあえず簡単なgeom_col()の場合で書いていく。 上に書くだけならgeom_text()で位置を調整して書けばいい。 例えば次のようなデータの場合。 library(ggplot2) df <- data.frame(X = LETT…

ggplot2パッケージの3.5.x以降で仕様変更があり、データ中に存在しない値を凡例に反映させるためには、以前の手法ではうまく行かなくなったので、現在動く手法のメモ。 例としてmtcarsデータの気筒数を因子型にしたものを用意して、グラフ化する。 library(g…

Rで混合モデルを検討するため{lme4}のglmer()を使っていたら、Optimizerは何もしないと"Nelder_Mead"になっている（はず）なのだが、glmer()のcontrol引数を用いてglmerControl(optimizer = "Nelder_Mead")とすると結果が異なるというということに遭遇したた…

Rで都道府県のデータを触っていると、都道府県名に県がついているデータとついていないデータ（例：青森と青森県）があり、都道府県名をkeyとしてデータフレームを{dplyr}の*_join()系の関数で結合させるときに大変に不便なことがある。 ということでいずれ…

RでNAが含まれるデータフレームをいい感じにハンドリングする自分用のメモ EXCELのxls(x)ファイルをRで読み込むと謎の一行まるまる空欄のデータに遭遇することがある。例えば次のようなデータ。 d <- data.frame(都道府県 = c("北海道", NA, "青森県", "秋田…

FAQ: Rでlm()関数で作成した回帰モデルをstep()関数でステップワイズしたときに表示されるAICの値がAIC()関数と異なるがなぜ？ 雑なA: AICを計算するときに、対数尤度ではなく残差平方和を用いて疑似的に計算しているから。step()関数やextractAIC()のドキュ…

以前に、LittleのMCAR検定を行う場合には{BaylorEdPsych}というパッケージに含まれるLittleMCAR()を使ってはいけないということを書いたが、これは内部で欠測値を含む行列の分散と平均の最尤推定を行う{mvnmle}パッケージのmlst()関数が既定値の計算回数では…

本稿の要旨 Rのstep()関数で出力されるステップワイズの途中経過は、trace = 0と引数を指定するとコンソールへの出力を省略（抑制）できる。 Rで重回帰分析などの変数をステップワイズ法で選択するstep()関数について、デフォルトの挙動だと、変数選択の過程…

データの概観を示すときに、様々な統計量を示したりすることがあると思うが、データの一部を示す事もあると思う。例えば次の通り。 head(mtcars) ## mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb ## Mazda RX4 21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 ##…

{chron}パッケージにある、日付や時間をいい感じに{ggplot2}のラベルにするscale_x_chron()関数やscale_y_chron()関数を使うと、タイムゾーン依存で意図した通りの日付や時間が描画できないという問題を見つけたのでメモしておく。 問題の再現 問題の回避策 …

RでCRANからパッケージをダウンロードする関数としてdownload.packages()がある。 この関数はダウンロードするパッケージの形式（ソースパッケージかバイナリパッケージかは）をtype引数で指定することができる。 環境ごとの設定によるが基本的には指定しな…

CRAN上のRのmac os用のバイナリパッケージをdownload.packages()関数を用いてダウンロードする時に注意が必要であったのでメモしておく。（R 4.2.x以降のもの） これは内部でdownload.packages()関数を用いてパッケージをダウンロードしている{miniCRAN}パッ…

役に立たないネタだが、役に立たないが役に立つパッケージがあるという話（最近何も書いてないのでR関連小ネタ）。 役に立たないということで役に立つパッケージ、{ThreeWiseMonkeys}がある。 この{ThreeWiseMonkeys}はCRANからダウンロード・インストールさ…

Rのパッケージ作成関連で最近気付いた（最近知った）ことの雑多なメモ。 R-hubの仕様が変わって、GitHub Actionsで実行する仕様となった パッケージのexportされていない関数をutilsのgetFromNamespace()で呼び出したときには、呼び出した関数が使用している…

baseのorder()内部で仕様されいているxtfrm()の仕様の変更で、order()関数がデータフレームをうけつけなくなった（バージョン4.2.xまでは受け付けていた）。 どういうことかと言うと、以前はデータフレームを特定の列の昇順（または降順）で変えようと思った…

次の記事をよんで、そんなこともあるんだ～、そういうことに遭遇したことなかったけど。と思ったけど記事の通り再現するにはいろいろ条件がありそうなので見てみた。 qiita.com とりあえずわかった範囲で条件を書くと R上のオブジェクトをc++に引数等で変数…

Rの1.4.0から4.4.0より前のバージョンにあるとされる任意のコードを実行できる可能性があるとされるCVE-2024-27322問題の自分用のメモ。 邦文 forest.watch.impress.co.jp 「R 1.4.0」から「R 4.4.0」より前のバージョンでは、このRDS形式によりシリアライズ…

Rのmissing()という関数についてのメモ。 missing()はRの{base}に含まれている関数で、関数を内部で使用し関数の引数に値が指定されていない場合にTRUEとなるというものとなる。 f <- function(x) missing(x) f() ## [1] TRUE f(x = 1) ## [1] FALSE たとえ…

ちょっとしたメモ、三本立て。 Rで畳み込み（線形畳み込み）を行うconvolve()関数のメモ 雑感 二項演算子とパイプのメモ {naniar}パッケージはナルニア国物語 Rで畳み込み（線形畳み込み）を行うconvolve()関数のメモ Rでベクトルの畳み込みを行うconvolve()…

Rでデータ分析をする際に、三項演算子的な処理を行いたい時に{base}のifelse()関数や{dplyr}パッケージのif_else()、もっと複雑な条件分岐をするときにはcase_when()関数を使うことがある。これらの関数を使っている時に意図しない、結果にも反映されない謎…

第111回R勉強会@東京（#TokyoR）に参加（初心者セッション・応用セッション・LT聴講した）した。 tokyor.connpass.com 初参加だったが、全体的な感想としては、「Rのことを日本語で喋っているのを聞くのは楽しいな」と思った。とても楽しい会だった。運営の…

RのパッケージはしばしばCRANリポジトリからremoveされArchivesとなる（CRANのArchivesには、removeされたパッケージだけではなくパッケージがアップデートされた時に以前のパッケージもある）。 CRANリポジトリからremoveされるのは、多くの場合はCRANが定…

入れ子のforループでグラフを複数出力したものを、{gridExtra}パッケージのgrid.arrange()か何かで並べたい。解決策案の一つ、入れ子状態のlist形式のオブジェクトの入れ子状態を解消し実現する。 これを見て qiita.com すでに回答済みなので必要ないと思う…

R本体のRのパッケージの引用情報を参照する時に使うcitation()の役に立つかもしれないTIPS的なのものをまとめていく。だいたいヘルプドキュメントに書いてある。 引用情報を呼び出す Rの本体の引用情報を一番簡単に取り出すには次のようにするとできる。 cit…

READMEがある（ありそうな）ウェブページにアクセスする関数を作ってREADMEにウェブブラウザをつかってアクセスする パッケージをインストールする時にREAME.mdの内容をvignetteにコピーする処理を行い、vignette()関数を用いてREAMEを参照できるようにする …

CRANにパッケージをsubmit（投稿）したあと、基本的な順序としては、自動チェック後、CRAN Maintainerにより手動チェックされ、問題なければCRAN上で公開、CRAN Policyに合致しないなど問題があればrejectされた理由がメールされる。 パッケージのsubmit後は…

R関係で最近知った些末なことをメモしておく。一つずつ書くほどでもないので三本建て。 RStudioのTools > Check for Package Updatesはupdate.packages()と微妙に挙動が異なる ::で関数を呼び出してもパッケージはロードされている {purrr}パッケージのmap_d…

1ヶ月ぶりくらいにlme4パッケージをつかって（一般化）線形混合モデルを計算しようと思ったら関数 'chm_factor_ldetL2' はパッケージ 'Matrix' では提供されていませんとエラーが出たので解決させたときの対応をメモしておく。 英語だと、Error in initializ…

この記事はR言語 Advent Calendar 2023の2日目の記事です。Rに少しでも関連していれば誰でもなんでもOKとのことで、本稿はその趣旨を信じて次に記載する本稿の要旨の通り、R言語のHOW TOやトリビア的な内容ではありません（お祭りに参加したいけど手持ちネタ…

欠測値（欠損値）のを含むデータについて、データが完全にランダムに欠落しているかどうか、つまりMCAR（Missing Completely at Random）であるかを検定するLittleのMCAR検定をRで行う場合、やや古めのウェブページ等では{BaylorEdPsych}パッケージというす…